Pri stvaranju profila iz DMR-a, računaju se se svi pregibi profila i presjeci svih rubova trokuta reljefa. U određenim situacijama doći će do vrlo bliskih presjeka trokuta reljefa te time grupiranja podataka o visini i udaljenosti. Sljedeća slika prikazuje takav slučaj, odnosno tri vrlo bliska presjeka:



Iako matematički ispravan, ovakav prikaz u praksi nema smisla jer se tri presjeka nalaze na istoj visini i unutar četiri centimetra.


Odabirom parametra za 3D pročišćavanje segmenata većeg od nula centimetara u parametrima profila, rješavaju se takve situacije. Softver nudi listu sa 3D udaljenostima prikazanim u centimetrima (0, 3, 5, 10, 20, 25, 35, 50, 100), iz koje je potrebno odabrati odgovarajuću vrijednost.


Softver računa 3D udaljenost između dva susjedna presjeka, te ako je ista manja od vrijednosti parametra, stvaraju se grupe presjeka te za njih računaju srednje vrijednosti. Kako se računaju 3D udaljenosti, položajno bliski ali visinski različiti presjeci neće biti pročišćeni.


Nakon pročišćavanja, situacija iz prve slike izgledati će ovako: